Vier New Yorker Zoo-Tiere geraten in Not. Weil Zebra Marty unbedingt die Weite der freien Natur erleben will, verlassen die vier den Zoo. Sie werden gefangen und sollen in ihre natürliche Heimat Afrika gebracht werden. Löwe Alex, Giraffe Melman und Nilpferd Gloria sind davon nicht begeistert. Weil die Pinguine die Kontrolle über das Schiff übernehmen, gehen die vier Freunde über Bord. Sie landen in Madagaskar und erleben die Schrecken des Lebens in Freiheit. Besonders Alex hat ein Problem. Wenn er kein Futter mehr bekommt, sind seine Freunde plötzlich die Nahrung, die er braucht.

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