Leonardo, Donatello, Raphael und Michelangelo sind mutierte Schildkröten mit Superkräften. Sie leben in den Abwasser-Kanälen von New York und kämpfen gegen böse Roboter und andere Gefahren. Dabei erleben sie viele Abenteuer – und müssen auch mit ihrem Teenagerleben klarkommen. Neue Freunde und Feinde tauchen auf, wie Rod, der selbst ein Mutant sein will, und Bishop, die alle Mutanten vernichten will. Sie bekommen es mit Wissenschaftlern und Konzernen, die Mutanten jagen, zu tun. Es gibt nicht nur viel Action, es geht auch um moralische Entscheidungen, Loyalität und Freundschaft.